Üsküp’teki ilk temsilciliğimiz 1925 yılında Başkonsolosluk olarak şehrin merkezî bir yerinde faaliyete başlamıştır. İkinci Dünya Savaşı koşullarında bir süre kapalı kalan Başkonsolosluğumuz, 1963 yılında Üsküp’te yaşanan depremde binanın büyük zarar görmesi nedeniyle, “Nikola Kljusev” Caddesi’nde bulunan ve halihazırda Yunus Emre Türk Kültür Merkezi tarafından kullanılan binada hizmetlerine devam etmiştir. Başkonsolosluğumuz, 1975 yılında satın alınan ve halen Büyükelçilik Kançılaryası olarak kullanılan Slavej Planina Caddesi’ndeki binaya taşınmıştır.

Makedonya Cumhuriyeti’nin 1991 yılında Yugoslavya’dan ayrılarak bağımsızlığını kazanmasının ardından Başkonsolosluğumuz 1993 yılında Büyükelçiliğe dönüştürülmüştür. Büyükelçiliğimiz, anılan tarihten bu yana Slavej Planina Caddesi’ndeki binada faaliyetlerini sürdürmektedir.